Утверждение системных принципов в современной биологии сопровождалось критическим анализом односторонности узкоэволюционного подхода к живой природе, не позволяющего зафиксировать важность самостоятельной роли факторов биологической организации. Таким образом эта функция системного подхода носит конструктивный характер и связана прежде всего с обнаружение неполноты наличны предметов изучения, их несоответствие научным задачам, а также с выявлением недостатков тех или иных принципов и способов построения знаний. Эффективность проведения этой работы предполагала последовательную реализацию принципа преемственности в развитии систем знания.

Позитивная роль системного подхода может быть сведена к следующим основным моментам. Во-первых, понятие и принципы системного подхода ваявляют более широкую познавательную реальность по сравнению с той, которая фиксировалась в прежнем знании (например, понятие биосферы в концепции В.И.Вернадского, понятие биогеоценоза в современной экологии, оптимальный подход в экономическом управлении и планировании).

Во-вторых, системный подход содержит в себе новую по сравнению с предыдущей схему объяснения, в основе которой лежит поиск конкретным механизмов целостности объекта и выявления технологии его связей.

В третьих, из важного для системного подхода тезиса о многообразии типов связей объектов следует, что сложный объект допускает несколько расчленений. При этом критерий выбора наиболее адекватных расчленений изучения объекта может служить то, насколько в результате удается построить “единицу” анализа (такую, например, как товар в экономическом учении Маркса или биогеоценозе в экологии), позволяющую фиксировать целостность свойства объекта, его структуру и динамику.

Широта принципов и основных понятий системного подхода ставит их в тесную связь с другими методологическими направлениями современной науки.

По своим познавательным установкам системный подход имеет особенно много общего со структурализмом и структурно-функциональным анализами, с которыми его связывает не только их оперирование понятиями структуры и функции, но и акцент на изучение различных связей объекта, вместе с тем принципы системного подхода обладают более широким и более гибким содержанием, они не подверглись слишком жесткой концептуализации и абсолютизации, как это имело место с некоторыми линиями в развитии указанных направлений.

Непосредственно не решая философскую проблему системный подход сталкивается с необходимостью философского истолкования своих положений. Сама история становления системного подхода убедительно показывает, что его философской основой выступает системный принцип, получивший наиболее глубокую разработку в трудах классиков марксизма-ленинизма. Именно диалектический материализм дает наиболее адекватное философско-материалистическое истолкование системного подхода: методологически оплодотворяясь им он вместе с тем обогащает собственное содержание; при этом однако, между диалектикой и системным подходом постоянно сохраняется отношение субординации, так как они представляют разные уровни методологии; системный подход выступает как конкретизация принципов диалектики применительно к исследованию, проектируемых и конструированных объектов как систем.