На захваченных территориях австрийские власти продолжали ту же политику, что и магнатская Польша, только в «просвещенной» форме. В планах централизации и германизации многочисленных плененных австрийской монархией народов правительство отводило значительную роль организации просвещения, в том числе и высшего образования. Предполагалась реформа трех австрийских университетов – Виденского, Пражского и Львовского. Перед ними ставилась задача на первый план поставить не воспитание ученых, а подготовку профессиональных кадров – учителей, судей и священников.

В октябре 1784 года император Иосиф II подписал диплом об обновлении университета. Кроме факультетов философского, юридического, медицинского и теологического в состав университета входила и гимназия. Она являлась базой для комплектования контингента учащихся, а также «площадкой» для педагогической подготовки студентов.

Прогрессивный характер имело то, что по содержанию программ большинство факультетов имело светский характер. Несмотря на то, что обучение велось на латинском языке, отдельные предметы преподавались и на польском. Все студенты первые три года обучались по программе философского факультета, который по сути оставался общеобразовательным, подготовительным. Студенты, получившие философское образование, переходили на один из специальных факультетов, где продолжали образование по соответствующей программе.

Особое значение имело открытие в 1787 году при университете украинского института, призванного готовить, в первую очередь, учителей для реальных и классических гимназий, где обучались украинские дети. Несмотря на то, что программа института была ограничена, прогрессивное значение имело преподавание на украинском языке. Украинский институт в краткий период своего существования (до 1808 года) являлся проводником гуманитарного педагогического образования.

С началя XIX в. в Австрии началась реформа образования, которая была направлена на усиление влияния церкви, ее проникновение в учебно-воспитательный процесс. В соответствии с этой реформой, с 1805 по 1817 гг. университет назывался лицеем. По своей структуре и ориентации учебного процесса лицей не отличался от существующих в то время университетов. Лишь срок обучения в лицее был другим.

В 1817 году австрийское правительство возвращает Львовскому лицею статус университета, ему присваивается имя императора Франца, чем подчеркивается полная зависимость от монаршей власти. Соответственно содержание, организация учебного процесса подчинялись требованиям, предъявляемым правительством Австрии.

Колониальное состояние Галичины в Австрийской империи было барьером для развития образования, науки, культуры. Тем не менее и в этих условиях некоторые выпускники университета и его ученые делали все возможное для развития исследований в области краеведения и гуманитарных наук. Так, воспитанник университета И.Могильницкий подготовил первую в Галичине грамматику украинского языка.

Под влиянием революционных событий 1848 года австрийское правительство начало проводить политику национального лавирования. Оно сделало ряд «уступок» украинскому национальному движению. Так, в 1849 году в университете была основана кафедра украинского языка и литературы, заведовать которой начал украинский филолог, поэт, этнограф и историк Я.Головацкий. В этом же году он был назначен ректором университета.

Тем не менее, австрийское правительство, давая перевес в управлении краем польской шляхте, поддерживало политику полонизации. Нелегкое это было время для Львовского университета: он хуже всех университетов Австрии обеспечивался учебными пособиями, литературой, имел наименьшее количество преподавателей. Такое положение университета было отражением крайне тяжелого состояния образования в целом. В последней четверти XIX в. на более чем трехмиллионное украинское население Западной Галичины действовало всего 5 государственных школ.

В 1809 г. была основана Киевская гимназия, которая впоследствии (в 1811 г.) была отнесена к высшим учебным заведениям. В 1805 г. открыт Харьковский университет. В первой четверти XIX в. возникли привилегированные учебные заведения, сочетавшие курс средних и высших школ: Кременецкий лицей (1803), Ришельевский лицей в Одессе (1817), Гимназия высших наук князя И.А. Безбородко в Нежине (основан в 1820 г.). После польского восстания 1830-1831 гг. Кременецкий лицей был закрыт. В 1834 г. создан Киевский университет. Кроме привилегированных мужских учебных заведений, открывались сословные женские учебные заведения – институты благородных девиц в Харькове (1812), Полтаве (1817), Одессе (1828), Керчи (1835), Киеве (1838). В 1865 г. открылся Новороссийский университет в Одессе.