Большая часть вальдорфских родителей — католики и протестанты. Соответственно преподавание религии осуществляется представителями этих церковных общин по собственному учебному плану, разрабатываемому и утверждаемому в соответствующих церквях. Есть дети, не принадлежащие ни к какой конфессии. Им школа предлагает особый курс «свободного христианского воспитания», так как, по убеждению вальдорфских учителей, религиозное воспитание не должно целиком отсутствовать в образовании человека. В нем речь идет, прежде всего, о воспитании «благодарности ко всему, что дается человеку», благоговения перед Божиим Творением, каковым является весь окружающий нас видимый мир. Способности на такие чувства есть высшее проявление человеческого. Кроме этого, детей знакомят с Библией, Евангелием и религиозной историей человечества. При этом, прежде всего речь идет не о толкованиях последних, а также не о научной библеистике, но о знакомстве с самим Священным Писанием и его духом. Курс «свободного христианского воспитания» — дополнительный и проводится по желанию родителей. В России в связи с законодательно закрепленным принципом светскости образования религия в вальдорфских школах не преподается.