Одна из важнейших функций организации работы с документами -функция учета документов. Учет документов обеспечивается их регистрацией — записью учетных данных о документе по установленной форме, фиксирующей факт создания документа, его отправки или получения. Наряду с функцией учета документов регистрация позволяет осуществлять контроль исполнения документов, вести поиск документов по запросам подразделений и работников учреждения.

Наряду с организацией документооборота в понятие «организация работы с документами» входит хранение документов и их использование в деятельности учреждения. Система хранения документов — это совокупность средств, способов и приемов учета и систематизации документов с целью их поиска и использования в текущей деятельности учреждения. Для системы хранения документов наиболее значимыми являются понятия «номенклатура дел» и «дело». Под номенклатурой дел понимается систематизированный перечень заголовков дел, формируемых в делопроизводстве учреждения, расположенных в определенной последовательности с указанием сроков их хранения; под делом понимается совокупность документов по отдельному вопросу или участку деятельности, сформированных в хронологической или иной последовательности и подшитых в отдельную обложку.