Мысль о создании в Москве академии по образцу Киевской возникла в конце 70-х годов XVII века. Инициатором создания такой академии был прибывший в Москву из Белоруссии известный писатель и педагог Симеон Полоцкий. Он в 1682 году составил «Привилею» (учредительную грамоту) академии, но она сначала не была утверждена царем.

По этому проекту в академию должны были приниматься только православные люди. Академия имела целью подготовку образованных людей, необходимых государству и церкви. Проектом намечалось преподавание «семи свободных наук» (т. е. грамматики, риторики, диалектики, арифметики, геометрии, астрономии, музыки), богословия и «науки правосудия». Расширяя образовательные задачи академии, проект в то же время возлагал на нее задачи блюстительницы православных канонов и оплота борьбы с ересями и отступничеством от православия.

Патриарх и окружавшее его консервативное духовенство долго тормозили открытие академии, которое состоялось лишь в 1687 году. Основными преподавателями академии были два ученых греческих монаха—братья Ионикий и Софроний Лихуды, докторa наук Падуанского университета. Они подбирали учителей, вели сами в старших классах академии риторику и философию, составляли на греческом и латинском языках учебники грамматики, пиитики и риторики православного содержания. Старорусское духовенство, недовольное их новшествами, добилось устранения Лихудов из академии и заточения их в один из провинциальных монастырей. Лишь через пять лет им позволено было переселиться в Новгород, где они открыли славяно-греко-латинское училище по образцу Московской академии и стали преподавать в нем. Это училище послужило в начале XVIII века рассадником грамматических школ в различных городах Новгородской епархии.

Славяно-греко-латинская академия подготовляла не только духовенство, но и учащихся для медико-хирургических школ, многие из которых затем стали студентами университета, открытого в 1725 году при Академии наук. В Славяно-греко-латинской академии обучались М. В. Ломоносов, известный писатель А. Д. Кантемир, архитектор В. И. Баженов и другие известные деятели культуры, науки и просвещения XVIII века.

С открытием в 1755 году Московского университета академия потеряла свое значение как высшее учебное заведение филологического и философского характера и превратилась в духовную академию. В начале XIX века она была переведена в Троице-Сергиевскую лавру.