Обосновывая идею школы родного языка, Коменский постоянно имеет в виду природосообразность развития ребенка. Естественными стремлениями и условиями жизни человека аргументирует Коменский необходимость в школе родного языка начал родиноведения, граждановедения.

Столь же естественно и необходимо, считает Коменский, в латинской школе является наличие «класса этики», в котором рассматривается «сам человек с действиями его свободной воли как владыка вещей», а также изучение «стрежневого предмета истории», знание которой «как бы освещает всю жизнь», история естествознания, история изобретений, история морали, история религиозных обрядов у разных народов, всеобщая история (но все-таки преимущественно история своего отечества).

«Семь свободных искусств», эти традиционные учебные предметы средневековой школы, Коменский дополняет основами наук нового времени. Все содержания общего образования обращаются к человеку – его целостному мировосприятию, гармонии его стремлений и способностей «знать, уметь, действовать, говорить».

Процессуальная сторона обучения у Коменского выражается в поиске «естественного (природосообразного) метода», который ориентирован на целостную личность ученика, на мотивационную сферу, на разностороннюю работу интеллекта, на «живое знание», а не традиционную «книжную ученость», которую ученик брал памятью и напряжением воли.