Крупную реформу братской школы произвел Петр Могила (в 1633 г.). Сущность реформы заключалась в превращении братской школы, при сохранении ее церковно-религиозного характера, в коллегию по иезуитскому образцу: языком преподавания (кроме катехизиса и славянской грамматики) сделался латинский; по-латыни же воспитанники были обязаны говорить и в классах, и вне их, и дома, и на улице; за ошибки в латинском языке взыскивали строго. В братских школах было 4—5 классных отделений, в киевской же академии образовалось 8 классов: 7 обычных иезуитским коллегиям — инфима, грамматика, синтаксис, поэзия, риторика, философия и богословие — и восьмой низший дополнительный, в котором учили читать и писать. Способы преподавания, учебники, объем учебных курсов — все это было, как и в заграничных коллегиях, вся западная схоластика была перенесена в Киев. Латинский язык учили по известному учебнику польских училищ Альвара, заимствованному поляками у западной Европы; философии учились по Аристотелю, богословию — по Фоме Аквинату. Необходимым и чрезвычайно важным пособием при прохождении всех учебных курсов признавались диспуты, было убеждение, что без диспутов невозможно усвоить никаких знаний. Поэтому диспутировали все, даже малыши, но особенно деятельно на сем поле духовной брани подвизались философы и богословы. Были даже, как и на Западе, нищенствующие школьники, т. е. бедняки, сироты, не принятые на казенное содержание и добывавшие себе пропитание воспеванием духовных и светских кантов, устройством подвижных театров, обучением детей, попрошайничеством и т. п. В продолжение всего существования академии до преобразования ее в специальное духовно-учебное заведение учащиеся в ней принадлежали всем сословиям — и высшим и низшим, и к дворянству и к крестьянству. Были в ней дети знатнейших малороссийских фамилий. Число светских учеников нередко превышало даже число духовных.

С учреждением академии запрещалось учиться дома, без разрешения блюстителя и учителей академии, языкам греческому, польскому и латинскому и другим иностранным языкам, повелевалось домовых учителей не держать и детей, кроме как в академии, не учить из опасения, как бы домашние учителя, особенно иностранные и иноверные, не внесли какой-либо противности вере нашей православной, чтобы не было разногласия. Виновные в нарушении этого приказа подвергались конфискации имущества.

Предметы преподавания в академии были обычные,т.е. языки,грамматика,риторика, поэзия, философия, богословие, церковное и гражданское право и некоторые другие, например, арифметика, география, история. Вообще универсальный, энциклопедический характер обучения в академии никогда не был осуществлен на деле, и «все свободный науки» остались на бумаге, красивой фразой, а в действительную жизнь и деятельность не перешли. Правда, государство хотело использовать академию во всех видах и смыслах: в беседе с патриархом Адрианом Петр высказался об академии как о такой царской школе, из которой должны выходить люди «во всякия потребы — в церковную службу и в гражданскую, воинствовати, знати строение и докторское врачевское искусство».6 Указом Петра 1725 года поведено было учить в академии «геометрии и тригонометрии, всякаго звания людей, кто пожелает».7 Но все такие заявления остались лишь благими пожеланиями не только из-за трудности устроить такую школу, но и из-за характера мировоззрения и общего состояния образования того времени.8