Особенно интересна была церковь Иоанна Предтечи. К ее высоким стенам с юга примыкала двухмаршевая крутая лестница с кровлей, опирающейся на открытые арки. Она начиналась под прямым углом к зданию, а затем поворачивала вдоль его южной стены. Вверху она заканчивалась площадкой, арки которой служили одновременно звонницей. От этой верхней площадки шла вдоль западной стены церкви открытая паперть. Здесь был расположен вход, ведущий в пониженную трапезную часть церкви, из которой второй портал завершался главой. Верх каждой из стен увеличивали кокошники.

Сейчас уже трудно представить себе все особенности отделки церкви Иоанна Предтечи, построенной Ершовым. Реставрационными работами было выявлено и восстановлено два портала и окна трех фасадов. Эти окна, а особенно порталы, характеризуют Ершова как очень тонкого, талантливого мастера. Один белокаменный портал сохранился в проходе из трапезной в церковь (краеведческий музей древнерусского искусства), другой- на южном фасаде палат, в их восточной части. Порталы эти в известной степени традиционны и повторяют общую форму порталов ХVI века. Однако изящество их обломков, тонкость прорисовки деталей, чрезвычайно простых, но исполненных точно и ясно, с большим пониманием пропорций, позволяют судить о достоинствах всей постройки, теперь уже видоизмененной.

Само здание епископских палат было довольно длинным, одноэтажным, на подклете. Высота подклета была увеличена к востоку в следствии падения уровня земли, в последующие столетия, впрочем, почти выровненной. Палаты имели на южном фасаде два входа, которые вели в двое сеней. К сеням примыкали жилые комнаты и комнаты для приема посетителей. В комнатах были большие изразцовые печи.

Яршов, однако, не ограничился лишь сооружением епископских палат. В 1658 году был сооружен Певческий корпус «длиной 12 и поперек 6 сажень». По-видимому, тогда же вместо сгоревшей ссудной избы и колодничей возвели Консисторский корпус. Интересно отметить, что В Певческом корпусе была применена «типовая» жилая секция, состоящая из холодных сеней и примыкающим к ним под прямым углом теплых сеней. Двери из теплых сеней вели в две изолированные кельи, расположенные рядом и выходящие окнами на главный фасад. Печи топились из сеней через специальные арочные устройства в стенах, называвшихся каминами. Полы в сенях были обычно каменные, что уменьшало возможность возникновения пожара при топке печей. К торцам холодных сеней пристраивались маленькие палатки с «выгребами»- ретирады. При кельях эконома (Певческий корпус) находились специальные палаты для приема челобитчиков. Эти помещения были полностью изолированы от жилых келий. Они имели самостоятельный вход с улицы. Примером служит угловая юго-восточная палата в первом этаже Певческого корпуса с сохранившимися прекрасными фрагментами росписи стен. В палате стояла изразцовая печь. Ее изразцовое убранство менялось со временем. Здесь были найдены фрагменты красных, зеленых и полихромных изразцов.

В 1658 году над епископскими палатами надстроили второй этаж. При этом отчасти был изменен характер отделки оконных проемов, что видно и сейчас на южном фасаде здания после проведенных реставрационных вскрытий. В это же время (работами руководил уже другой зодчий) в церкви Иоанна Предтечи появились два новых портала: в трапезную (теперь вход в отдел древнерусского искусства), очевидно, переделанный из другого, возведенного Ершовым, и портал с верхней площадки лестницы на паперть церкви, которую теперь застроили. Интересно решенные по формам, они, однако, уже лишены строгости и изящества порталов Ершова. В ХIХ веке их расписали масляными красками во время работ, связанных с празднованием 800-летия города.

В 1692 году Григорий Леонтьев сын Мазухин, костромич, «подрядился у преосвященного строить и строил каменные палаты сверх крестовой и келей». Теперь, надстроив уже третий этаж над епископскими палатами, Григорий Мазухин объединил церковь и палаты в один длинный высокий корпус равной высоты. Церковь Иоанна Предтечи перестала выделяться своим объемом. Но на ее западном фасаде был все же возведен фронтон с волютами, обелисками по его сторонам и главной с крестом на постаменте вверху фронтона.

Окна третьего этажа на западном фасаде Мазухин украсил крупными наличниками в господствовавшем тогда нарышкинском стиле. Сочная пластика форм этих наличников придала совершенно новый характер всему фасаду, позволила объединить и создать новое цельное впечатление, несмотря на разностильность решения верхнего и нижнего этажей.