Однако деятельность Песталоцци в Станце продолжалась несколько месяцев. В связи с военными действиями помещение приюта было использовано для лазарета и приют был закрыт. Это было тяжелым ударом для него.

Вскоре Песталоцци получает место учителя в Бургдорфе, а несколько позже он, со своими сотрудниками открывает свой институт. Там он развертывает начатые в Станце опыты упрощенного обучения, ставя себе задачу установить такие методы, при помощи которых каждая мать легко могла бы обучать своих детей. В самом начале 19 века вышли в свет сочинения Песталоцци: «Как Гертруда учит своих детей», «Книга для матерей», «Азбука наблюдения», «Наглядное учение о числе».

После переезда института в Мюнхенбухзее, а потом в Ифертен Песталоцци в предоставленном ему замке продолжает деятельность своего института; это было большое учебное заведение .Песталоцци становится известным педагогом, его ценят в самых различных кругах. Состав учащихся института резко меняется: это уже не дети крестьян, не беспризорники, а в значительном большинстве дети аристократов, помещиков, зажиточных людей.

Песталоцци не удовлетворен теперь своей деятельностью. Он чувствует, что стоит уже далеко от народа, много дальше, чем раньше. Усталость и неудовлетворенность— все это, вместе взятое, тяжело отразилось как на здоровье, так и на его деятельности.

В 1825году, после 20 летнего пребывания Ифертене, Песталоцци распустил институт и вернулся к внуку в Нейгоф, туда, где он полвека назад начал свою педагогическую деятельность. Здесь уже 80 летним старцем Песталоцци написал свое последнее произведение — «Лебединую песнь». В 1827 году, 82 лет от роду, Песталоцци умер. На надгробном памятнике было написано: «Спаситель бедных в Нейгофе, народный проповедник в «Лингарде и Гертруде» , отец сирот ву Станце, основатель новой народной школы в Бурдорфе и в Ивердоне, воспитатель человечества. Человек, христианин, гражданин. Все для других, ничего для себя.»