Коменский, оставшись без покровителей, возвращается в Лешно и становится епископом. Протестантский священник такого ранга не мог быть холостым, и 17 апреля 1649 года Коменский женится на Яне Гаюсовой. К тому времени постоянные военные неудачи подорвали дух Чешских братьев и отражением этого является трактат Коменского "Завещание умирающей матри - Общины братской - своим сыновьям и дочерям, коим вручает она богатства свои и назначает наследников".

В 1650 году Коменский получает очередное предложение высоких особ - князь Сигизмунд Ракоци предложил ему осуществить реформу трансильванских школ в Верхней Венгрии. 13 февраля 1651 года началось преподавание по новой системе в городе Шарош-Патак. Успехи преподавательской деятельности заставляют отказаться Каменского от политической деятельности, он начинает работу над "Миром чувственных вещей в картинках", пожалуй, одним из первых пособий подобного рода в истории европейской педагогики. Он составляет песенно-драматический сборник "Школа-игра" для обучения детей латинскому языку.

И вновь в работу педагога вмешивается война. Польша, оккупированная Швецией восстала, и 27 апреля 1656 года польские партизаны осадили Лешно. В этой войне он утратил все имущество, накопленное за 28 лет, а также, большую часть своих рукописей. Многие протестантские центры наперебой зазывали к себе Яна Амоса. Он решил избрать для своего поселения Амстердам (столицу Батавии). Сын давнего покровителя Коменского Лаврентий де Геер взялся оплачивать труд педагога и издание его сочинений. Результаты не замедлили сказаться. В Нюрнберге выходит "Мир чувственных вещей в картинках". В 1657-1658 году издана наконец "Великая дидактика" в четырех томах. Книгу ожидал оглушительный успех. Ученый начинает работу над "Всеобщей мудростью".

И вновь война. Англия и Нидерланды вошли в конфликт. Однако авторитет Коменского в тот момент уже стоял на недосягаемой высоте. По призыву педагога воюющие стороны заключили мирный договор. Результатом жизненных размышлений о собственных коллизиях и судьбе Европы становится труд "Всеобщее исправление". В этом всеобъемлющем труде наряду с наивными, идеалистическими мыслями Коменский рисует облик устройства мира, знакомого жителям второй половины XX века.

Постепенно годы и невзгоды берут свое. Последние работы Коменского он уже диктует. В ноябре 1670 года Яна Амоса Коменского не стало.