По поручению императора Петра I российский подданный лейб-медик Л.Л.Блюментрост подготовил доклад о проекте создания в Петербурге Академии наук и художеств. При академии предполагалось учредить также университет и гимназию. В архиве Российской Академии наук находится копия этого доклада с поправками и дополнениями Петра I, что позволяет утверждать о его реальном участии в разработке основополагающего документа. Идея создания академического университета пришла к монарху во время его поездок по странам Европы, где он наблюдал деятельность классических университетов.

28 января 1724 г. Сенат своим указом утвердил проект учреждения в Петербурге Академии наук и художеств. В документе, в частности, отмечалось, что Академия нужна не только " для размножения наук", но и чтобы "чрез обучение и распложение оных, польза в народе впредь была" (см.: Полное собрание законов Российской империи. СПб. 1830. Т. 7. № 4443. §3).

Петр I пригласил несколько крупных зарубежных ученых для работы в Академии наук и преподавания в академическом университете. Уже после кончины императора из Европы в Петербург прибыли: математики Н. Бернулли, Я. Герман и Ф.-Х. Майер, астроном И.-Н. Делиль, физик Г. Бюльфингер, физиолог Л. Бернулли, ботаник И.-Х. Букенбаум, анатом М.-Г. Дювернуа, историк М. Бюргер, философы Х.-Ф. Гросс и Х. Мартини, филолог И.-П. Коль, правоведы И.С. Бекенштейн и Х. Гольдбах.

Кроме того, для работы в академической гимназии и участия в научных исследованиях были приглашены 8 студентов старших курсов из немецких университетов. Академическая гимназия предназначалась для подготовки будущих слушателей университетов. Она состояла из пяти классов, в которых ученикам преподавали русский, латинский, немецкий французский, итальянский и греческий языки, начала математики, истории и географии.

7 декабря 1725 г. был подписан императорский указ" О заведении Академии наук и о назначении президентом оной лейб-медика Блюментроста" . 27 декабря того же года императрица Екатерина I торжественно открыла первый научный центр и высшее учебное заведение России. Академики вели научные исследования в своих областях знаний и обучали закрепленных за ними студентов. Профессора занимались научной работой, и каждый из них читал по четыре лекции в неделю. 24 января 1726 г. в Академии наук и художеств началось чтение на латинском языке публичных лекций для всех желающих (вход был свободный). Академические студенты эти лекции посещали в обязательном порядке. Профессорам академии предоставлялось право открывать частные курсы (приватные коллегии), однако, без ущерба для обязательного чтения публичных лекций.

Становление Петербургской Академии наук и художеств и ее учебных подразделений проходило сложно. После кончины 6 мая 1727 г. императрицы Екатерины Алексеевны, академия наук лишилась своей покровительницы. Положение усугублялось еще и тем, что вскоре царский двор переехал в Москву, за ним потянулись сановники и крупные ученые. Новый император Петр II захотел, чтобы президент Академии наук и художеств поселился в старой столице, где не было условий для работы. Не став еще прочно на ноги академия наук начала приходить в упадок из-за скудного финансирования и отъезда некоторых иностранных ученых на родину.

Кризис коснулся и Академической гимназии, где сократилось число учащихся. По подсчетам графа Д.А. Толстого, в 1729 г. в гимназию поступило лишь 74 мальчика. Еще хуже складывалось положение со студентами. Профессора-иностранцы лекции читали только на латинском языке, так как русский знали плохо. Отыскать в России молодых людей, владевших латынью, было довольно сложно. Поэтому в период 1726-1733 г.г. среди академических студентов числилось только 38 чел. (см.: Архив РАН. Ф.3. Оп.1. Д.791. Лл.63-64 об).