4 апреля 1765 г. великий ученый и педагог М.В.Ломоносов скончался. Его смерть стала невосполнимой утратой для российской науки и высшей школы. Достойного преемника на посту ректора не нашлось, и академический университет стал быстро угасать. Попытки нового директора Академии наук Е.Р. Дашковой в 1783 г. реанимировать деятельность университета успеха не имела.

К концу XVIII века академический университет был закрыт.