Хорошая организация дела и достаточное финансирование позволили быстро наладить подготовку врачей. Академия создавалась не на голом месте, а путем преобразования из Петербургского и Кронштадтского медико-хирургических училищ. Срок обучения в медико-хирургической академии составил 4 года. Учащиеся первого и второго классов академии именовались учениками, а третьего и четвертого – студентами. Учащимся двух последних классов присваивались права студентов Московского университета.

В сентябре 1800 г. учащихся разместили в новом здании академии на Нижегородской улице. Это здание считалось главным, в нем находились актовый зал, библиотека, церковь, канцелярия, общежитие для учеников и студентов, а также квартиры для высших чиновников вуза. Второе здание было на территории в промежутке между выходившими на него сухопутным и адмиралтейским госпиталями. Здесь размещались аудитории, учебные кабинеты, музей и некоторые хозяйственные помещения.

Руководящим органом Петербургской медико – хирургической академии являлась конференция, первое заседание которой состоялось 20 октября 1800 г. Медицинская коллегия выработала инструкцию, где формулировались задачи конференции, академии и обязанности профессорско- преподавательского состава.

Главная задача конференции состояла “в направлении и усовершенствовании медико – хирургического просвещения”.

Заседания конференции проходили еженедельно по субботам в актовом зале академии. При необходимости собирались экстренные собрания профессоров для решения важных вопросов. Если члены конференции приходили к мнению о целесообразности каких-либо изменений в деятельности академии, то обоснованный проект представлялся для утверждения в Медицинскую коллегию. Разрешение Медицинской коллегии требовалось также для изменения учебных планов, программ обучения и списков обязательной литературы.

Заседание конференции вел председательствующий, которого выбирали из числа наиболее авторитетных профессоров академии. При отсутствии председательствующего заседание вел следующий по старшинству профессор. В должностной инструкции было записано следующее: “Председательствующий должен прилежно смотреть за исправным и порядочным течением дел в академии и конференции и за отправлением должностей учащими, а о тех, которые нового распоряжения и перемены потребуют, предлагать конференции для общего рассуждения”.

В конце 1800 г. Медицинская коллегия утвердила штаты и должностные оклады постоянного состава академии. Профессорам был установлен чин VII класса, однако размер жалованья зависел от их специальности. Для профессоров по патологии – терапии, хирургии теоретической и практической, повивальной и врачебной судной науки (судебной медицины), анатомии – физиологии и ботаники годовое жалованье составляло 1200 руб. Для профессоров по математике – физике – 1000 руб., а по химии – 800 руб. в год.

В помощь профессорам назначались адъютант – профессора с VIII классным чином и годовым жалованьем от 500 до 450 руб. в год, в зависимости от специальности. При химическом театре работал лаборант с жалованьем 300 руб. Рисовальному мастеру был установлен оклад 350 руб., библиотекарю – 400 руб., а его помощнику – 150 руб. в год. Указанные должностные оклады считались максимальными; их еще нужно было заслужить добросовестной работой. Вновь назначенные на должности лица сначала получали сокращенные денежные оклады.