Хозяйством академии заведовал эконом с окладом в 500 руб. В его распоряжении находились двадцать штатных хозяйственных работников с окладами по 45 руб. в год. Содержание канцелярских служащих и канцелярские расходы укладывались в годовую сумму 850 руб. На ремонт зданий, покупку дров и свечей Медицинская коллегия выделяла дополнительные суммы. Надзор за поведением и обучением учащихся осуществлял инспектор с годовым жалованьем 800 руб.

Общие расходы Петербургской медико – хирургической академии на содержание 161 служащего постоянного состава составляли 27600 руб. в год. Содержание каждого казеннокоштного учащегося в год составляло 100 руб. Из этой суммы на покупку книг и канцелярских принадлежностей выделялось по 18 руб. студентам и по 8 – 12 руб. – ученикам (см.: Академические акты. Спб. 1850. С. 43). Кроме указанных сумм для поощрения лучших сотрудников и учащихся выделялись денежные вознаграждения.