Ломоносов разработал программу публичных лек­ций, которые должен был читать с 1 сентября 1742 года. Но доныне в империи не сущуствовало учебников на русском языке. Это заставило его немедленно заняться разработкой учебных пособий по различным предметам. В 1742 году Ломоносовым уже было написано руководство «Первые основания горной науки, или Горная книжица»; в 1743 году он подготовил «Краткое руководство к риторике, на пользу любителей сладкоречия сочиненное»; в 1745 году для студентов перевел с латинского учебник по физике.

Второй этап (1745—1749) связан в основном с методической работой ученого (уже в 1745 году Ломоносов получил должность пофессора). Одно­временно с подготовкой учебных пособий Ломоносов разрабатывает лекции на русском языке. По указу Сената от 17 октября 1745 г. о печа­тании перевода «Экспериментальной физики» Ломоносову предписы­валось прочесть цикл лекций по физике с использованием необходи­мых физических приборов. Первая лекция ученого прошла, по отзы­вам современников, в торжественной обстановке 20 июня 1746 г. На ней присутствовали «сверх многочисленного собрания воинских и гра­жданских разных чинов слушателей и сам господин президент акаде­мии с некоторыми придворными кавалерами и другими знатными пер­сонами». Значение этого факта для развития национальной науки велико, поскольку до Ломоносова все лекции читались на латинском языке.

Занятия с гимназистами и студентами убедили Ломоносова в необ­ходимости преобразования учебной части Академии наук.

28 апреля 1746 года он подготовил документ в академическое собра­ние «О привлечении семинаристов в университет и об увеличении числа учеников гимназии». В документе Ломоносов предложил ото­брать студентов из семинарий и обучать их академическим упражнени­ям. Этим, по его мнению, можно приобрести «для Академии наук зва­ние подлинного Петербургского университета».

Ломоносов считал также, что гимназия должна вмещать в себя как можно больше учеников, из числа которых потом будут отбираться самые способные. Члены Академического собрания отвергли инициативу Ломоно­сова об отборе способных учеников из монастырских школ, об увеличении числа гимназистов, о широком распространении научных знаний на русском языке.

Некогда данное предложение было опробовано Ломоносовым на практике. Так, еще в 1732 и 1735 годах ученики семинарий отбирались для учебы в академии. Из них вышли такие ученые, как С. П. Крашенинников, сам М. В. Ломоносов, академик-астроном Н. И. Попов, соз­датель русского фарфора Д. И. Виноградов, гравер А. Поляков, пере­водчики В. И. Лебедев, И. И. Голубцов, А. А. Барсов.

В 1748 году Синод разрешил выбрать для университета по десять человек из Московской славяно-греко-латинской академии, Новгород­ской и Александро-Невской семинарий.

Уже в этот период Ломоносов считал, что необходимо составить новый регламент (устав) Академического университета. По поруче­нию канцелярии от 13 июня 1748 года разработкой устава занимался ака­демик Г.-Ф. Миллер. Ломоносов вспоминал позже: «В Университете неотменно должно быть трем факультетам: юридическому, медицинскому и философскому (богословский оставляю синодальным учили­щам), в которых бы производились в магистры, лиценцияты и докторы. А ректору при нем не быть особливому, но все то знать эфору или надзирателю, что в внесенном в Историческое собрание регламенте на ректора положено, ибо ректор в университете бывает главный коман­дир, а здесь он только будет иметь одно имя. Не худо, чтобы Универси­тет и Академия имели по примеру иностранных какие-нибудь вольно­сти, а особливо, чтобы они освобождены были от полицейских долж­ностей».

Спустя почти полгода, 7 декабря 1748 года, Ломоносов предложил всех студентов разделить на три класса: « . первого класса студенты ходят на все лекции, для того чтобы иметь понятие о всех науках и чтобы всяк мог видеть, к какой кто науке больше способен и охоту имеет; второго класса студенты должны ходить на лекции только того класса, в котором их наука, третьего класса студенты те, которые определены уже к одному профессору и упражняются в одной науке. Сим последним должно, по моему мнению, определить ранг армейского прапорщика, а производить их в временные переводчики . а из них в адъюнкты». Это говорит о том, что Ломоносов стремился поднять уровень преподавания в университете. Однако устав утвержден не был.