В университетские годы Коменский знакомится с философской литературой, изучает Платона, Аристотеля, Цицерона и других великих античных философов. В 1613 году он пишет записи к одному из диспутов и называет их «Спорные вопросы, собранные в саду философии».

Основным вопросом в этих записях является вопрос об источниках и путях познания. Этот вопрос он ставит и в работе «Берет ли всякое познание исток из ощущения»

, которая была опубликована в 1914 г.

Можно сказать, что пагсофические идеи Коменского своими истоками восходят к периоду учебы в Герборнском университете. За время учебы здесь он написал отдельные главы к запланированной в объеме двадцати восьми томов работы «Зрелище вселенной»

; провел плодотворную деятельность в области изучения родного языка – «Сокровища чешского языка»,

и под руководством Альстреда он познакомился с трудами педагогического характера.

В феврале 1613 года Коменский заканчивает Герборнский университет и едет в Амстердам, а через невколько месяцев зачисляется в знаменитый Гейдельбергский университет. Об этом периоде учебы сохранилось мало сведений.

Весной 1614 г. Коменский возвращается на родину. Он назначается руководителем Пшеровской братской школы.С этого времени в жизни коменского начинается новая эра. Он с большим увлечением работрает в любимой школе и очень много делает для того, чтобы облегчить обучение. Он пишет такие работы как «Правила более легкой грамматики»

и «Письма к небу».

В пшеровский период своей деятельности Коменский знакомится с философскими и педагогическими произведениями немецкого ученого Иоганна Андреэ, который произвел на него впечатление как чрезвычайно образованный, прогрессивный педагог и мыслитель своего времени. Особенно большое влияние на Коменского оказали дидактические воззрения Андреэ, к которым в дальнейшем Коменский неоднократно обращается в своих трудах.

В 1618 г. община «Чешские братья»

назначила Коменского пастрырем-проповедником в г. Фульнек в Северной Моравии, где он одновременно руководил и братской школой.

В этом году он женится на падчерице бургомистра города Пшерова Магдалиной Визовской, которая стала Коменскому большим другом и помощником.

Известно, что Коменский много сделал для повышения уровня и благосостояния населения Фульнека, особенно бедняков и осуществил большие изменения в Фульнекской школе. Фульнекс модно считать наиболее значительным в развитии педагогического учения Коменского.

После того как Габсбурги в 1620 г. победили в битве у Белой горы и казнили многих патриотов, а потом добрались до Фульнека, Коменскому как активному протестанту оказалось небезопасно оставаться здесь. С этого момента начинается тяжелый период скитаний и жизни в нелегальных условиях. Беда за бедой настигала Коменского. В 1621 г. в Фульнеке католики сожгли дом Коменского с его многочисленной библиотекой и ценными рукописями. А в 1622 г. занесенная испанскими войсками чума унесла жизни его жены Магдалины и обоих детей.

Однако же душевная травма, вызванная этим горем не смогла сломить волю великого патриота и своим личным примером он вселял в таких же многострадальных соотечественников дух бодрости и непримиримости.

Коменский покидает Моравию и скрывается в маленьком г. Брандисе, где пишет роман-трактат философско-социального направления «Лабиринт света и рай сердца».

В этой работе он критикует феодальные отношения и феодальное общество.