В связи с выделением основной школы и утверждением её первого учебного плана в 1962 году, изменилось отношение к специальному образованию. Его было разрешено осуществлять как в специальных классах, так и путём отдельного специального обучения. Самой распространенной формой такого специального обучения стало, так называемое, "клиническое обучение", которое наряду с обычным обучением в классах, позволяло ученикам с трудностями работать по свободным программам с "клиническим преподавателем". Для этого ученики уходили из класса на несколько часов в неделю. Программы чаще всего были связаны с различными школьными предметами. Отделения клиники для учеников с нарушениями речи, трудностями в чтении, письме, с социальными и эмоциональными нарушениями и другие создавались при специальных школах. Целью специального образования было уменьшение различий между учениками. Средством для достижения этой цели стала, так называемая, нормализация (сделать так, чтобы ребёнок-инвалид учился в школьной среде, как можно менее отличающейся от "нормальной") и компенсация (систематическое обучение в клинике и классе). Компенсаторный подход перенёс акцент на диагностику способностей. При этом возникла повышенная потребность как диагностического материала, так и материала для тренировки функций. Однако развернулась критика против компенсаторного подхода, который расценивался, как манипулятивный, индивидуалистический и направленный на изолированные функции, прежде всего, когнитивного характера.

В середине 60-х годов для учеников с тяжёлыми социальными и эмоциональными нарушениями была введена школа продлённого дня, поскольку обычная школа не располагала средствами для помощи этим ученикам. Эта форма работы была предназначена для учащихся начальной и средней ступени. Ученики, которых помещали в школу продлённого дня, как правило, не справлялись с обычным школьным обучением. Школа продлённого дня по-прежнему является актуальной для учеников с серьёзными эмоциональными нарушениями, но посещение такой школы расценивается как временное. В 1969 году основная школа получила новый учебный план. По сравнению с учебным планом 1962 года в новом учебном плане значительно усилена необходимость особого внимания к ученику. Отмечается стремление обновить и развить педагогическую работу, исходя из нужд ученика. Учебный план подчёркивает связь между обычным и специальным обучением. Основной принцип обучения учеников с трудностями заключается в том, чтобы они, по возможности, учились в обычных классах. Потребность в индивидуальной помощи удовлетворяется дополнительным и поддерживающим обучением, скоординированным с деятельностью класса, в котором ученик учится большую часть времени. Отдельное специальное обучение стало называться согласованным специальным обучением, чтобы подчеркнуть необходимость согласования работы педагогов обычных классов и специальных педагогов. Школа должна была дать возможность всем детям "учиться в классах". Таким образом, был закреплён принцип интегрированной школы. Используя принципы нормализации, интеграции и вариативности, школа должна стремиться к достижению цели всестороннего развития личности ребёнка, включая эмоциональный и образовательный аспекты. Специальным классам, в соответствии с учебным планом 1969 года, придавалось меньшее значение. Специальное обучение должно было осуществляться в обычных группах, и ученики с трудностями и функциональными нарушениями интегрировались с обычными учениками.

В период с середины 50-х и в 60-е годы согласованное специальное обучение бурно развивалось, поскольку на него легче выделялось государственное финансирование. Однако оценка специального обучения не дала ожидаемых результатов. Критике была подвергнута построенная система специального образования, которая, не смотря на большие затраты, не смогла создать, в достаточной мере, удовлетворительную среду для учеников с проблемами в развитии. Было решено провести исследование "Внутренняя работа в школе" для анализа "мер, принимаемых к ученикам с особыми трудностями" и связанных с этим вопросов, включая среду обучения. Исследование проводилось в 1970-74 годах. Исследование рекомендовало внести изменения в специальное обучение. Социоэкологический подход должен был заменить технологический, ориентированный на личность подход, определённый учебным планом 1962 года. Имелось в виду, что главный акцент на ученика, принятый в 60-е годы, был явно недостаточен, если одновременно не обращалось внимание на школьную и общественную систему. В исследовании было отмечено, что понятие "ученики с трудностями в школе", в какой-то степени, может быть заменено понятием "школа с трудностями в обучении". Было предложено, кроме всего прочего, создать учебные подразделения (состоящие из нескольких классов), возглавляемые одной рабочей командой. Таким образом, большинство проблем, касающихся ученика, должны были решаться в учебном подразделении. Для небольшой группы очень трудных детей предоставлялась возможность создавать постоянные группы вне учебных подразделений.