Развивая идею всеобщего образования, Я.А. Коменский приходит к необходимости построения системы школ, завершающей ступенью которой является академия и познавательные путешествия, обеспечивающие расширение кругозора, обогащение жизненных наблюдений, углубление профессиональной подготовки. В самом факте создания подобной системы он прозорливо предвосхитил современные представления о непрерывном образовании, о повышении квалификации. Вклад Я. А. Каменского в последующее развитие высшей школы может быть сконцентрирован вокруг четырех основных проблем: отбор молодежи для обучения в вузе; содержание высшего образования; организация познавательной деятельности студентов; координация усилий ученых высшей школы по разработке и пропаганде педагогической теории.

Основное назначение школы и в особенности высшей он видел в том, чтобы раскрыть способности личности, предоставив ей возможности свободного, природосообразного развития. В этой связи правомерно возникал вопрос о том, кому учиться в академии. По мнению Я. А. Коменского, таким правом должны обладать самые одаренные выпускники гимназий – "избранные умы, цвет человечества". Предлагаемая им методика отбора вполне "вписывается" в современную систему профориентационной работы в вузе. Однако право решающего голоса Я.А. Коменский оставляет за учителями, директором гимназии, которые на основе действительных знаний об интересах, способностях молодого человека и результатов проведенных испытаний-экзаменов направляют его для дальнейшей учебы или занятий иного рода.

Как педагог и общественный деятель, Я.А. Коменский хорошо понимал, что по мере того, как гуманистические идеи все более проникали в общественную жизнь, они становились неотъемлемой чертой в сфере образования и воспитания. Поэтому закономерно на смену отвлеченных, схоластических постулатов в содержании образования приходят "очеловеченные" научные знания. Я А Коменский выступал сторонником обновления содержания вузовского образования на основе новейших научных знаний о природе, обществе, познании. Вместе с изменением содержания образования Я. А. Коменский высказывался за поиск новых форм и методов подготовки студентов.

В годы обучения в Герборнском и Гейдельбергском университетах, в период своей педагогической деятельности Я.А. Коменский имел достаточное представление об ограниченности вузовского преподавания, формализме в организации учебного процесса. Не случайно поэтому он приходит к признанию особой важности самостоятельной работы, считая, что материал профессорской лекции должен дополняться самостоятельным чтением трудов "образцовых писателей" с последующей консультацией у профессора, особенно в там случае, если студент "нашел у своего автора несогласованное мнение, подкрепленное надлежащими обоснованиями". Он не противопоставляет индивидуальную самостоятельную работу коллективной, что, к сожалению, имеет место в современных наших вузах, высоко оценивает роль дискуссий, диспутов в студенческой аудитории.

Актуальными для сегодняшнего дня остаются требования Я. А. Коменского к личности преподавателя высшей школы, важнейшим из которых считал: профессиональную компетентность, способность увлекательно и полезно вести занятия, стремление к постоянному пополнению знаний, овладению профессионально-педагогической культурой. Преподаватели высшей школы, считал Я. А. Каменский, должны войти в состав "дидактической коллегии" – государственного органа, призванного вести разработку педагогической теории, внедрять и пропагандировать новые знания. Эта идея получила впоследствии свое реальное воплощение в виде создания педагогических общественных организаций, ассоциаций, Академий педагогических наук и др.

Дальнейшее развитие школы и педагогики подтвердило жизненность и педагогическую целесообразность многих идей, высказанных Я. А. Коменским в отношении высшего образования и проверенных в опыте различных стран.

Я. А. Каменский полагал, что одна из задач высшей шкалы – дать прочные, основательные теоретические и практические знания по всем предметам, которые тогда преподавались.

Я. А. Коменский считал, что высшая школа или академия должна иметь свою педагогику, свою дидактику, обогащенную всеми достижениями педагогики и дидактики первых ступеней обучения. "На академию, конечно, наш метод не распространяется. Но что мешает нам высказать наши пожелания и по поводу академии? Академии с полным правом предоставляют завершение и дополнение всех наук и все высшие предметы образования".[10]