Обучение должно быть развивающим, чтобы "изощрялись природные дарования, совершенствовались языки, облагораживались нравы". Коменский особенно ценил связь умственного и нравственного воспитания, "кто преуспевает в науках, а в нравственности отстает, тот скорее отстает, чем преуспевает".

Все должно быть преподаваемо путем непосредственных чувственных восприятий и из жизни.

Коменский утверждал, что учить надо не только «из жизни», но и для жизни ("Мы вступаем в жизнь не только созерцателями, но и исполнителями"). Первоисточник знаний – сама жизнь, сами предметы. Коменский выводит принцип наглядности, это "золотое правило" для учителей. Чем больше знание опирается на ощущение, тем более оно достоверно. Наглядность дает возможность сделать школу жизненной, учит учащихся понимать и изучать действительность самостоятельно.

Если учащимся каждый раз показывать, какое применение имеет ежедневно то, чему их учат, для чего служит каждая вещь, то они получат полную возможность убедиться в своих знаниях и у них возникнет желание действовать.

Однако наблюдений и чувственных доказательств недостаточно для того, чтобы обеспечить полноценные, вполне доброкачественные знания. Для этого требуется еще "приведение в действие разума". Вот почему следующий принцип Коменского гласит:

Ничему не учить на основании авторитета, а все обосновывать на свидетельстве чувств и разума.

При обучении необходимо все подкреплять разумными доводами, объяснять причины, чтобы не оставалось места ни сомнению, ни возможности забыть. Оно должно сопровождаться развитием мышления, раскрыванием способностей, а также выработкой самостоятельного подхода учащихся к усваиваемым ими знаниями, чтобы они "не смотрели чужими глазами, не мыслить чужим умом". Учащиеся должны уметь выражать свои знания в правильной речи, свободно ими пользоваться в жизни.

Коменский так же разработал вопросы методики упражнений

, положив в основу ее работу над элементами. Особое внимание должно быть обращено на упражнения в области навыков чтения, письма, грамотности. Нужно начинать обучение не со слов или целых фраз, а со звуков, как элементов, из которых складывается слово. То же самое относиться и к письму.

Величайшей заслугой Коменского является открытие им и разработка вопроса о классно-урочной системе занятий

. Коменский впервые указал признаки классно-урочной системы:

Определенные ежегодные начала учебного курса.

Деление на классы.

Распределение времени.[7]

Он также осветил вопрос о методике урока

. Урок должен проводиться главным образом, посредством систематического изложения учителем. Живое слово учителя имеет большое значение для усвоения материала. Но очень важным методом является также использование книги на уроке, хотя они немые учителя. Особенно большое значение имеет на уроке беседа как метод работы. Но беседа должна проводиться умело, так, чтобы учитель "подстрекал" учащихся, ставя перед ними вопросы, возбуждая активность всех учащихся, вовлекая всех в работу. Во время беседы воспитывается внимание учащихся, они приучаются к слушанию и повторению сказанного учителем.

Это все потом поможет ученикам самостоятельно усваивать материал, а не "корпеть" над ним дома. Урок строится с учетом степени восприимчивости ученика. Учитель должен помнить, что он только слуга природы, а не господин ее. Учитывая характер восприимчивости у ученика, учитель прежде всего дает ученику представление о предмете. Большое значение имеет тон, стиль, отношение к ученикам, внешний вид класса. Все должно способствовать легкому, приятному усвоению материала, возбуждая внимание и мышление учащихся. На уроке должны быть использованы все органы чувств по возможности: зрение, слух, руки. Коменский ратует за рисование, за использование наглядности во всех ее видах и формах, указывая детали техники обращения с наглядными пособиями. Большое значение имеет не только звено восприятия и понимания материала. Коменский разрабатывает вопрос о другом звене урока, о запоминании. Нужно заучивать только то, что хорошо понятно, не нужно утомлять память.

Наряду с обучением Коменский ставит вопрос о системе нравственного воспитания

, которая строится на определенных основополагающих принципах, придающих определенную связь, целостность всему воспитанию.

Нравственное воспитание протекает не только в процессе обучения, но и в условиях внеклассных занятий