Ни ученых-позитивистов, ни религиозных деятелей, ни философов и психологов религиозного направления не устраивало то, что Толстой обратился к христианскому учению. Представители науки увидели слабость мыслителя, чудачество, склонность к парадоксам, апологию патриархально-христианской морали и даже оглупление. В советское время тема религиозных исканий оказалась фактически под запретом, она не вписывалась во внедуховную концепцию марксистской науки. Представители религии были не удовлетворены исследовательским замыслом писателя, его позицией по отношению к церкви.

Со своих позиций были правы те и другие. Толстой «осквернял» и науку, и религию. Однако главное заключается в другом: ни те, ни другие не увидели попытки соотнесения христианского и светского подхода, попытки Толстого соединить христианский вопрос «зачем?», «почему?» со светским «как?»

В наши дни создалась уникальная возможность всмотреться, вчувствоваться в смысл религиозных исканий писателя как исканий смысла жизни, первую серьезную попытку преодоления позитивистской методологии науки и обращения к христианству при разработке образа духовного, нравственного, творческого человека. Эта был исследовательский замысел, попытка сближения науки и религии, попытка одухотворения дегуманизированной, механистической, эмпирической педагогической науки образом духовного и нравственного человека.

Толстой уловил драматизм ситуации — отторжения человека позитивистской методологией, «потери души», сведения духа к материи, телесности, приравнивания человека к вещи, объекту, логической схеме, искажения самого понятия «психика», подмены человека натуралистически понимаемой личностью и выведения из нее соответствующих характеристик, неадекватности понятийного языка науки.

Толстой стоял у истоков формирования утверждающегося в настоящее время взгляда, что духовные образования личности — это фундамент и смысловой аспект всей научной картины мира, но не был понят современниками. Духовная и нравственная сущность человека затушевывалась учеными естественнонаучного толка. «Они, — писал Толстой, — подобны штукатурам, которых бы приставили заштукатуривать одну сторону стены церкви и которые, пользуясь отсутствием главного распорядителя работ, в порыве усердия, замазали бы своей штукатуркой и окна, и образа, и леса, и неутвержденные еще стены и радовались бы на то, как с их штукатурной точки зрения «все выходит ровно и гладко» (Толстой Л.Н. Собр. художественных произведений: В 12 т. М., 1948. Т.6. С.281).

Писатель высмеивал оптимизм ученых, считавших, что стоит усилить микроскопы, как « .мы поймем переход из неорганического в психическое, и вся тайна жизни откроется нам». Порочность редукционистского подхода проявилась еще и в том, что столь прямолинейная логика уводила исследователей в никуда, все больше удаляя их от понимания сущности человека. « .Тайна жизни и объяснение всего представляется в запятых, живчиках, не видимых уже . нынче открываемых, а завтра забываемых (Толстой Л.Н. Собр. соч.: В 12 т. T.17. С.133).

Критикуя современную ему науку, в том числе западноевропейскую педагогическую науку, особое внимание Толстой обращал на присущие ей редукционизм, рационализм, эволюционизм, эмпиризм. — См.: Кудрявая Н.В. Лев Толстой о смысле жизни (Образ духовного и нравственного человека в педагогике Л.Н.Толстого). М., 1993. С особой силой в творчестве писателя прозвучала тема науки, образования