В «Дневнике Яснополянской школы» Толстой описал, как он перестроил преподавание всех учебных предметов, включая Закон Божий.

Итогом первого и второго периодов педагогической деятельности Толстого явился комплекс учебных книг для народной школы — «Азбука» и «Новая Азбука». Необходимость подобной работы он объяснял отсутствием хорошей учебной литературы: в России «нет ни одной новой статьи для детского чтения, ни одной грамматики русской, ни славянской, ни славянского лексикона, ни арифметики, ни географии, ни истории для народных школ». Толстой с тревогой обращал внимание своих современников на то, что «все силы положены на руководства к обучению детей тому, чему не нужно и нельзя учить детей в школе, чему все дети учатся из жизни» (Толстой Л.Н. Педагогические сочинения. М., 1989. С.309). Выражая свое недоумение, Толстой обращался к современникам: «Каким образом люди честные, образованные, искренне любящие дело и желающие добра, каковыми я считаю огромное большинство моих оппонентов, могли стать в такое странное положение и так глубоко заблуждаться» (Толстой Л.Н. Педагогические сочинения. М., 1989. С.310).

Сейчас уже очевидно, что эти слова относились и к К.Д. Ушинскому. Скрытая критика его взглядов видна на страницах педагогических сочинений Толстого. Писатель внимательно присматривался к деятельности великого педагога, безусловно, ценил его, включил некоторые рассказы из «Детского мира» в составляемую им «Азбуку». Однако книгу Ушинского «Человек как предмет воспитания. Опыт педагогической антропологии» он думал вложить в руки нелюбимого героя А.А. Каренина. В письме Н. Страхову в период работы над романом «Анна Каренина» Толстой писал: «Вы бы меня очень одолжили, если бы прислали книжечку или две педагогические. О воспитании вообще, вроде «Антропологии» Ушинского, самое новое, искусственное и неглупое, сколько можно». Коллизия Толстой — Ушинский просматривается как пример сосуществования двух различных парадигм в становлении отечественной педагогической науки, никем из исследователей не замечаемый. Особенно не устраивала Толстого позиция, при которой игнорировался сложный, «таинственный и нежный процесс души», когда навязывание новых понятий «является грубой, нескладной силой, задерживающей процесс развития». Ушинскому относилось горькое замечание о том, что педагоги-теоретики вместо того, чтобы понять предмет воспитания — свободного ребенка, предлагают изучить его всесторонне. Но ведь при этом исчезает свободный ребенок, превращаясь в объект, в абстрактную логическую схему. Толстой считал, что «человека изучать со всех сторон равносильно тому, что изучать предмет, у которого столько сторон, сколько радиусов в шаре, т.е. без числа, и что нельзя изучать со всех сторон, а надо знать, с какой стороны важнее, нужнее . и волей-неволей устанавливается последовательность. Вот в ней-то все и дело» (Толстой Л.Н. Собр. соч.: В 22 т. T.17. C.16).

Пророческими сегодня кажутся слова писателя, высказанные в статье «О народном образовании» (1874), которую он назвал педагогической исповедью. Писатель сравнивал перенесенную на русскую почву западноевропейскую педагогическую систему с новой молотилкой, «которая куплена дорого, поставлена, пустили молотить — молотит дурно, как ни подвинчивай доску, нечисто молотит, и зерно идет в солому». «Но хоть и убыток», а «деньги потрачены». Он грустно констатировал: «Я знаю, еще долго будут процветать наглядные обучения, и кубики, и пуговки вместо арифметики, и шипенье для обучения букв . Но я тоже твердо знаю, что здравый смысл русского народа не позволит принять эту навязываемую ему ложную искусственную систему обучения . что в великом деле своего умственного развития он не сделает ложного шага и не примет того, что дурно .» (Толстой Л.Н. Педагогические сочинения. С.339).